W nowo powstałym mieście erygowano parafię po r. 1588. Do końca w. XVIII należała ona do diecezji chełmskiej i wchodziła w skład dekanatu Luboml. Od w. XIX, w granicach nowej lubelskiej diecezji, zmieniała swoją przynależność dekanalną: Chełm, Hrubieszów, Uchanie, Hrubieszów Północ. Została uposażona m.in. w ziemię przez Jana Sienieńskiego. Teren jej uległ nieznacznemu zmniejszeniu dopiero po I wojnie światowej, kiedy dwie wsie przyłączono do nowych parafii (Strzelce do parafii Buśno, zaś Gałęzów do Klesztowa).

Z tym terenem wiążą się pewne wydarzenia z dziejów Polski: 18 VII 1792 r. Tadeusz Kościuszko stoczył tu nierozstrzygniętą bitwę z wojskami rosyjskimi, w czasie powstania styczniowego (1863) działały tutaj oddziały polskie, a jednym z dowódców był lekarz Nieczaj z Dubienki. W czasie II wojny światowej działały tu oddziały AK (na cmentarzu znajduje się pomnik ku czci poległych).

Przy parafii istniał szpital dla ubogich, który funkcjonował jeszcze w XIXw. pod nazwą domu schronienia dla starców i kalek. Do 1875r. pewną część ludności Dubienki i okolicznych wsi stanowili katolicy obrządku wschodniego. Dubienka była siedzibą dekanatu unickiego (diecezja chełmska), który w r. 1863 obejmował 12 parafii. Nowy kościół unicki, murowany, wzniesiony, na miejscu drewnianego, w r. 1832, przetrwał do naszych czasów (po r. 1875 został zamieniony na cerkiew prawosławną).

W okresie międzywojennym życie religijne parafii łacińskiej było bardzo ożywione: Akcja Katolicka, tercjarstwo, bractwo różańcowe. W tym okresie istniała przy parafii biblioteka.
Do zakończenia II wojny światowej pewien odsetek ludności omawianego terenu był wyznania prawosławnego (posiadali oni cerkiew w Dubience, która została zamknięta). W Radziejowie był zbór protestancki (około 60 niemieckich rodzin z Radziejowa i Holendrów, które wyemigrowały w 1944r.), po wojnie zamieniony na szkołę.

Do połowy XIXw. świątynie parafialne w Dubience były drewniane: pierwsza z około r. 1588, z fundacji Jana Sienieńskiego, podobnie następne z lat 1617, 1753 i 1794. Kościół obecnie istniejący, pw. Trójcy Przenajświętszej, został wybudowany w 1865r. wg planów budowniczego powiatu hrubieszowskiego Pliszczyńskiego. Powstał z ofiar parafian, a inicjatorem budowy był proboszcz, ks. Wojciech Makara (poprzedni kościół został spalony w r. 1863), konsekrowany, 20 VI 1924 r., przez bpa A. J. Bożeńca Jełowickiego. Budynek dwukrotnie uszkodzony w obecnym stuleciu: 1939 i 1944 (ściany prezbiterium i ołtarz główny), remontowany w r. 1940, 1945 i 1970.

Murowany. Ołtarz główny rokokowy z 2. poł. w. XVIII, pochodzący z kościoła bernardynów w Radecznicy, odnowiony po uszkodzeniach w czasie działań wojennych w 1941r., z obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem, barokowym z I. poł. XVIIIw., w sukience metalowej z tegoż czasu. Dwa ołtarze boczne o cechach barokowych zapewne z w. XIX, z obrazami z pocz. w. XIX: w lewym św. Antoniego, w metalowej sukience i Zwiastowania w zwieńczeniu, w prawym św. Mikołaja w srebrnej sukience i św. Józefa w zwieńczeniu. Ambona rokokowa z II. poł. XVIIIw., pochodząca z kościoła bernardynów w Radecznicy. Dwa tabernakula barokowe z XVIIIw. Obraz Matki Boskiej w typie XVIIw., w srebrnej sukience z XVIIIw., pochodzący ze wsi Bindugi zza Bugu (umieszczony w zwieńczeniu nowego ołtarza w kaplicy). Dwie rzeźby zakonników bernardyńskich z II. poł. w. XVIII, pochodzące z ołtarza głównego.

Obok kościoła dzwonnica poświęcona w r. 1965, w niej dwa dzwony, poświęcone przez bpa lubelskiego Piotra Kałwę w r. 1952. Na cmentarzu kościelnym rzeźba św. Jana Nepomucena kamienna, ludowa z w. XIX.